• Anestesiologian, tehohoidon, ensihoidon ja kivunhoidon klinikka
• Ensiapupoliklinikka
• Fysiatrian yksikkö
• Iho- ja sukupuolitautien klinikka
• Keuhkosairauksien klinikka
• Kirurgian klinikka
• Korva-, nenä- ja kurkkutautien klinikka
• Kuntoutusklinikka
• Lastenklinikka, Perinnöllisyyspoliklinikka
• Naistenklinikka
• Neurologian klinikka
• Ortopedian ja traumatologian klinikka
• Psykiatrian klinikka
• Silmätautien klinikka
• Sisätautien klinikka
• Suusairauksien klinikka
• Syöpätautien klinikka
• Työlääketieteen poliklinikka

Klinikoiden internetsivut ovat päävalikossa kohdassa Sairaanhoitopalvelut.

Lisäksi sairaalassa on poliklinikoita ja erilaisia sairaanhoidollisia palveluyksiköitä toimenpiteitä, tutkimuksia ja hoitoa varten.

Varsinaisen sairaanhoitotehtävänsä ohella TYKS toimii opetus- ja tutkimussairaalana. Opetustehtävä kuvastuu monella tavalla sairaalan toiminnoissa. Sairaalassa suorittavat käytännön opiskelua sekä terveydenhuollon että lääketieteen opiskelijat.

TYKS on savuton sairaala 1.1.2007 alkaen. Tupakointi on kuitenkin sallittua ulkona erikseen osoitetuissa paikoissa ja A-sairaalan tupakointihuoneessa.