Kliininen eksomi

Erillisiä geenejä tunnetaan nykyään yli 20 000, mutta läheskään kaikkien tehtävää ei vielä tunneta. Eksomi-termi tarkoittaa ihmisen perimäaineksen eri proteiinien ohjeina toimivia alueita ja ne muodostavat vain n. 2% koko ihmisen perimäaineksesta (genomista).

Kliininen eksomi on rajatumpi käsite, joka kattaa vain erilaisiin tunnettuihin sairauksiin yhdistetyt geenit. Kliinisen eksomin sisältö vaihtelee eri laboratorioissa, Tyksin Genetiikan laboratorion kliininen eksomi sisältää tällä hetkellä noin 4400 geeniä. Eksomi-tutkimuksia käytetään etenkin epäiltäessä geneettistä sairautta tapauksissa, joissa oirekuva ei viittaa suoraan mihinkään tiettyyn sairauteen tai oireyhtymään.

Trio-eksomi

Erityisesti lapsipotilaiden kohdalla eksomitutkimusten analysointia pystytään parantamaan selvästi, jos samalla kertaa tutkitaan myös kummankin vanhemman näytteet (trio-eksomi). Trio-eksomi parantaa tutkitusti diagnostista osuvuutta pelkkään potilaan oman näytteen tutkimiseen verrattuna, sekä mahdollistaa hankalasti tulkittavien muutosten tarkemman luokittelun.

Eksomitutkimusten erityispiirteet

Jokainen ihminen on yksilöllinen, ja myös perimäaineksessa on eri henkilöiden välillä runsaasti pieniä eroavaisuuksia. Valtaosta näistä muutoksista on luonteeltaan harmittomia, ja vain murto-osa liittyy johonkin tunnettuun sairauteen. Erilaisten geenimuutosten (varianttien) tulkinta on toisinaan haastavaa. Suurin osa muutoksista on täysin harmittomia, osa merkitykseltään epäselviä (VUS, Variant of Uncertain Significance) ja osa hyvin todennäköisesti tai varmasti sairautta aiheuttavia. Vaikka valtaosa VUS-muutoksista on luonteeltaan harmittomia, osa niistä voi olla myös vahingollisia. VUS-muutosten selvittämiseksi hoitava lääkärisi voi ehdottaa lisätutkimuksia, tai joissain tapauksissa myös sukulaisten tutkimista todetun muutoksen osalta.

Koska kliinisessä eksomissa tutkitaan paljon tunnettuja sairausgeenejä, erilaisten sivulöydösten osalta on olemassa kansainväliset suositukset. ACMG (American College of Medical Genetics) on julkaissut suosituksensa geeneistä, joiden analyysi tulisi sisällyttää eksomitutkimuksiin. Sivulöydökset näissä geeneissä sisällytetään osaksi laboratoriovastausta, mikäli potilas on antanut suostumuksen niiden raportoimiseen. Näissä geeneissä olevat virheet liittyvät erilaisiin sairauksiin, joiden riskiin ja ennusteeseen voidaan vaikuttaa aikaisen diagnoosin avulla. Esimerkkinä mainittakoon perinnöllinen rinta- ja munasarjasyöpäalttius (BRCA1 ja BRCA2), sekä erilaiset rytmihäiriösairaudet.

Suostumus

Koska kyseessä on hyvin laaja geneettinen tutkimus, johon liittyy myös merkityksellisten sivulöydösten mahdollisuus, pyydetään potilaalta/huoltajalta aina kirjallinen lupa ennen tutkimusta. Tällöin ennen tutkimusta tulee hoitavan lääkärin kanssa käydä huolellisesti läpi myös erilaisten sivulöydösten mahdollisuus ja merkitys. Eksomitutkimusten yhteydessä pyydetään aina erillinen kirjallinen suostumus, jotta laboratorio tietää raportoidaanko myös mahdolliset sivulöydökset.

ACMG:n yleisesti suosittelemien geenien lisäksi voidaan eksomitutkimuksen lausunnossa raportoida myös muissa geeneissä sijaitsevia sivulöydöksiä, mikäli niillä arvioidaan olevan suoraan merkitystä potilaan terveydentilan kannalta ja tuloksen perusteella voidaan vaikuttaa sairastumisriskeihin. Merkitykseltäänepäselviä (VUS) muutoksia ei lausuta sivulöydöksinä, vaan ainoastaan muutokset joita pidetään haitallisina/todennäköisesti haitallisina.